Los papas se negaron en rotundo a aceptar los hechos de los iconoclastas lo que provocó un enfrentamiento con el emperador, que decidió segregar las diócesis bizantinas de Italia y la Iliria del patriarca de Roma para encandilarlas en el de Constantinopla. Esta circunstancia acentuó aún más las tradicionales buenas relaciones entre el emperador y el patriarca de Bizancio, que no eran del gusto de los monjes. La rivalidad entre los partidarios de una u otra tendencia tuvo su momento de máxima tensión en el reinado de Constantino V, que persiguió a los defensores de las imágenes, lo que significó la total ruptura con el papa. Este hecho provocó una separación clara de éste con Bizancio y un acercamiento con occidente, en especial con los francos. La muerte de este emperador puso punto y final al periodo más cruel contra con defensores de las imágenes. La presión empezó a remitir y con el Concilio de Nicea del año 787 y durante el periodo de la emperatriz Irene triunfó por fin la iconodulía. Pero atrás habían quedado sesenta años de rivalidades que habían dejado huella. Quizás los más beneficiados fueron los monjes, porque el papa continuó desconfiando del patriarca bizantino.
Por su parte la emperatriz Irene, iconódula, empezó a tener dificultades para mantenerse en el poder. Además el hecho de ser mujer no gustaba entre los bizantinos incluso Carlomagno proclamó desde occidente que el trono de Constantinopla estaba vacante. Estas posiciones contrarias a Irene se acrecentaron cuando cegó a su propio hijo en un arrebato de ira, por lo que Nicéforo subió al poder en 802. El nuevo emperador comenzó su mandato con aires bélicos, para empezar se mostró más duro con los monasterios, que estos años atrás habían recuperado su poderío y después aumentó el número de soldados campesinos para solventar los problemas con los búlgaros, pero éstos se organizaron mejor y atacaron la capital de Bizancio. La confusión creada fue aprovechada por León V el Armenio, que se hizo con el poder. Pretendió asumir las mismas tácticas que su homónimo León III sobre todo en la vuelta a la iconoclastia. En el año 815 se inicia una segunda etapa de destrucción de imágenes que durará hasta 843, aunque con menos virulencia que el periodo anterior. Mientras tanto se estaban creando en el imperio algunos grupos extremistas religiosos, como los paulicianos, que no sólo rechazaban las imágenes sino también la cruz, los sacramentos y la jerarquía eclesiástica. Estos problemas internos fueron aprovechados por los musulmanes, que irán ocupando posiciones más próximas, y por los venecianos, que conseguirán su independencia.
No todo fue negativo para los bizantinos ya que entre los años 837 y 842, cuando se dictaron las últimas medidas iconoclastas, también se afianzó la autocracia imperial como definidora de la ley, se fortaleció la justicia pública, la capacidad recaudatoria, la circulación monetaria, y la actividad cultural. Estos años de auge se culminaron con la restauración del culto a las imágenes impuesto por la regente Teodora el primer domingo de cuaresma, día llamado desde aquel momento “domingo de la ortodoxia”. La voluntad de concordia que se quiso transmitir no acallaron los episodios de hostilidad entre los iconoclastas y los iconódulos. Los grupos populares podían disfrutar de nuevo del culto a las imágenes y los monjes mientras que los iconoclastas, especialmente los patriarcas, no podían olvidar el apoyo del papa a los iconódulos. El segundo periodo iconoclasta dejó un deterioro importante entre las Iglesias de Constantinopla y Roma, cada una de ellas más firme con su originalidad. Y la ruptura definitiva tuvo lugar cuando el papa Nicolás I y el patriarca Focio recibieron una excomunión recíproca en 867. Este cisma llevaba consigo mucho temas pero el principal seguía siendo la interpretación del Espíritu Santo, para los griegos procedía del Padre a través del Hijo y para los latinos procedía tanto del padre como del hijo.
Los nueve años que van entre 858 y 867, periodo de enfrentamiento más importante entre papado y patriarcado, fue fundamental para el imperio de Bizancio en otros aspectos. Por un lado el propio cisma religioso, por otro, la aparición amenazadora de naves rusas en las murallas de Constantinopla, también la actividad de misioneros del imperio en lugares como Bulgaria. Entre ellos hay que destacar a dos, que fueron a predicar el cristianismo en la Gran Moravia, entre los ríos Tisza y Danubio, llamados Cirilo y Metodio, que idearon una escritura de la lengua eslava, la glagolítica, que más tarde fue sustituida por el cirílico, aunque el propio Cirilo no fuera su inventor. Muy pronto supuso el instrumento principal que facilitó la traducción de las escrituras sagradas y los textos jurídicos a los idiomas de los pueblos que se habían ido asentando en la Europa más oriental. Los intentos de los misioneros de vincular la Gran Moravia con el cristianismo chocaron con la resistencia de los papas y obispos alemanes, que consideraban esa zona de influencia latina y germana. Así autoridades de la Gran Moravia expulsaron a los bizantinos y los rusos, serbios y búlgaros se iban aproximando a la influencia política, religiosa y cultural de Bizancio. Si la evangelización de la Iglesia griega no cuajaba entre los eslavos del este sí lo hacía entre los del sur y este.
