En su oración en la basílica del Santo Sepulcro, con humildad, el papa Pablo VI pedía perdón por los errores del pasado, y nos exhortaba a "tomar conciencia de nuestros pecados, de los pecados de nuestros padres, de los pecados de la historia pasada, de los pecados de nuestra época". Pablo VI, el primer papa que se reunía con un patriarca ortodoxo desde 1439, quiso peregrinar a Tierra Santa, en un viaje pastoral, aunque se reunió con el rey Husseín de Jordania y con el presidente de Israel, Zalman Shazar. Una dimensión importante de esta peregrinación fue el encuentro ecuménico del papa con el patriarca armenio y el patriarca ecuménico de Jerusalén. Pero sobre todo, el hecho más significativo del viaje del papa Montini a Tierra Santa, fue el encuentro con el patriarca ecuménico de Constantinopla, Atenágoras I.
De hecho, el abrazo de Pablo VI y Atenágoras abrió un camino de reconciliación entre la Iglesia Católica y la Iglesia Ortodoxa, después de más de 500 años del Cisma de Oriente, originado por la excomunión mutua del papa León IX y el patriarca Miguel I. Por eso, un año después de este encuentro entre Pablo VI y Atenágoras en Jerusalén, se revocaron los decretos de excomunión mutua de 1054, que habían ocasionado el cisma. Así, el 7 de diciembre de 1965, en una declaración solemne de Pablo VI y de Atenágoras, se anularon mutuamente las excomuniones recíprocas de 1054. En aquella declaración conjunta, el papa Montini y Atenágoras apostaban por rehacer "las relaciones fraternales" entre la Iglesia católica romana y la Iglesia ortodoxa de Constantinopla, lamentaban les palabras ofensivas, los reproches y los gestos condenables, y borraban "de la memoria de la Iglesia les sentencias de excomunión".
Durante aquellos dos días en Tierra Santa, el papa Montini, artífice de paz y de reconciliación, visitó, en aquella "humilde peregrinación los lugares sagrados", la basílica de la Anunciación de Nazaret y la de Belén, el Cenáculo y el Santo Sepulcro y recorrió la Vía Dolorosa. Preocupado por la unió de la Iglesia, la paz y el diálogo con las otras religiones, Pablo VI creó ese mismo año, el Secretariado para las religiones no cristianes, y en 1976, el Consejo Pontificio Justicia y Paz. Cuando ya se han cumplido 20 años de les relaciones diplomáticas entre la Santa Sede e Israel, el papa Francisco peregrino este año a Tierra Santa (Jordania, Israel y la Autoridad Nacional Palestina) del 24 al 26 de mayo, para conmemorar el 50 aniversario de la peregrinación del papa Pablo VI, una peregrinación que abrió caminos de reconciliación y de diálogo, sobre todo con la Iglesia ortodoxa de Constantinopla.
