Este hecho coincidió con el derrumbe de las civilizaciones existentes, como la Micénica en Grecia, Minoica en Creta, el imperio Hitita en la actual Turquía, Chipre y grandes centros como el de Ugarit en la costa este del Mediterráneo, así como diferentes ciudades estados, entre ellas las cananeas. Egipto pudo contener las invasiones en sus fronteras, aunque posiblemente disminuyó su influencia y control en el exterior. Referencias históricas importantes, son las encontradas en Egipto. En el templo de Medinet Habu, John Baker descubrió 25 hileras de inscripción jeroglífica, que narra cómo Ramsés III rechazó la invasión de los llamados Pueblos del Mar, entre los que se encontraban los Filisteos, junto con otros pueblos, como los Tjekker, y Denyen.
En el portal de entrada del templo, están grabadas las escenas de una batalla naval y otra terrestre. En ellas aparecen los hombres vestidos con faldas cortas, petos de cuero acanalados y un tocado de plumas. Las mujeres llevan el cabello suelto y vestidos largos. Un interesante testimonio que coincide y amplía la información que la Biblia aporta, es el papiro Harris, actualmente en el Museo Británico. Narra cómo después del enfrentamiento, Ramsés III coloca a parte de estos pueblos en las fortalezas que disponía en la costa cananea, como mercenarios de las guarniciones que controlaban las principales rutas comerciales. Otra referencia es el “Onomasticon de Amenope”. Se trata de un conjunto de papiros descubiertos en Egipto, formando una enciclopedia de numerosos temas. Está datado al final del siglo XII AC.
La Biblia informa que los filisteos procedían de Caftor, (Jeremías 47-4, Amos 9-7, Sofonias 2-5) identificado con la isla de Creta al sur de Grecia. Ya en el siglo XVIII Dom Calmet, lingüista francés, de acuerdo con la recopilación de topónimos realizado por Esteban de Bizancio en el siglo VI DC, indicaba que los filisteos provenían de Creta. En Tebas hay relieves mencionando a los embajadores de Keftiu. La similitud fonética con el nombre de Caftor, junto a evidencias de documentos geográficos y de cerámica, apoyan la localización de Caftor en Creta. Los datos arqueológicos en el Mediterráneo oriental, indican que el establecimiento de los filisteos en Canaán fue un proceso complejo de inmigración. Otras evidencias arqueológicas de la tradición egea de los filisteos, y que coincide con la descripción que hace el texto bíblico de la armadura de Goliat, es la similitud que presenta la armadura encontrada en la tumba de un soldado en la antigua Yugoslavia, junto con su ajuar funerario.
Una de las grandes ciudades filisteas es Asdod, situada a unos 5 kms de la costa, fue el lugar donde llevaron el Arca de la Alianza, después de ser capturada en el primer enfrentamiento con el pueblo israelita, narrado en la Biblia en 1 Samuel 5-1, 2. El asentamiento filisteo en ésta ciudad se dató tanto por la cerámica, como por un escarabeo hallado de Ramsés III a principio del siglo XII AC. En Asdod, el arqueólogo Moshe Dothan encontró una pieza de cerámica de una diosa fundida sobre una silla, que él llamó Asdoda. Datada entre el siglo XI-XII, es similar a las estatuillas micénicas propias del origen egeo de los filisteos. Posteriormente, tras ir asimilando las costumbres cananeas locales, apareció el culto al dios Dagón de procedencia mesopotámica, ya conocido en el siglo XVIII AC en Mari.
Otra de las grandes ciudades es Ecrón, situada en la frontera con Judea. Con una muralla que protegía una superficie de unas 20 hectáreas, muestra una buena planificación urbanística. Delimitando áreas dedicadas a las industrias, como la metalúrgica y su fundición, orfebrería, cerámica, textil y sus tintes. Había también un área central para edificios públicos, que disponían de un característico hogar en su parte principal y lugares de culto. Otra zona estaba dedicada a viviendas. Todo ello indicativo de un nivel cultural y tecnológico avanzado. Su escritura está aún pendiente de descifrar. Hasta el reinado de David, los filisteos dominaban las tierras palestinas, con numerosos enclaves a lo largo de ella. La Biblia refleja esta situación en el libro de Jueces 15-11. Y también manifiesta la superioridad tecnológica que tenían en el uso de los metales (1 Samuel 13-19, 22), como se observa en las dagas halladas en los santuarios filisteos, con hojas de hierro, empuñadura de marfil y remaches de bronce.
A lo largo de la historia de los reyes de Judá, la narración bíblica describe diferentes momentos de enfrentamientos con los filisteos, no es de extrañar que halla más de 250 referencias en el texto. Como ejemplos: el rey Uzias realizó una campaña militar contra varias ciudades, derribando las murallas de Gat, Jabnia y Asdod (2 Crónicas 26-6, 7). En ésta última ciudad los arqueólogos han comprobado la destrucción de la muralla en la puerta norte. Otras veces, como en el reinado de Acaz, (2 Crónicas 28-18) los filisteos se apoderaron de ciudades fronterizas de Judea como Bet-semes.
El profeta Jeremías 47-1, 7 vaticinó el final trágico de los filisteos, cuando Babilonia ocupó toda Palestina y destruyó también el templo de Jerusalén. A pesar de la ayuda solicitada a Egipto, como muestra la carta enviada por el rey Adón de Ecrón y que ha sido hallada en Saqqara. El ejército del Faraón no salió de sus fronteras como lo refleja la Biblia en 2 Reyes 24-7. Así la ciudad de Ascalón puerto comercial y centro productor de vino, la destruyó Nabucodonosor en el año 604 AC según registra la Crónica Babilónica, junto con la captura de su rey Aga. Después Ecrón el mayor centro de producción de aceite conocido con más de 100 prensas, fue destruida entre el año 603 y 601 AC.
Igualmente las restantes ciudades filisteas fueron destruidas y el pueblo deportado. Hay registros en Babilonia de filisteos sirviendo a Nabucodonosor y un siglo y medio después en Nipur, al sur de Babilonia, donde habían formado sus propias comunidades étnicas. De manera que ya no volvieron a sus tierras palestinas cuando los persas ofrecieron la posibilidad de retornar a sus lugares de origen, desapareciendo así en la historia la identidad del pueblo filisteo.
