Convencida de que la educación era clave en la emancipación, se ocupó de promover la escolarización en general y de manera particular la escolarización de la mujer. Abogó por la educación popular, gratuita, metódica, mixta, científica y abierta a todas las clases sociales y se la considera iniciadora de un movimiento de coeducación como modalidad que parte del reconocimiento de igualdades entre varones y mujeres. En 1841 en dos habitaciones de su casa JUANA MANSO funda el Ateneo de las Señoritas en Montevideo, allí enseñaba a las jóvenes y señoras del Uruguay en aritmética, lectura, labores, cuidado de los modales de las damas, lecciones de moral, gramática, francés, piano, canto y dibujo. De todos los rincones llegaban a estudiar allí. José Mármol, su amigo, la insta a escribir en diarios regionales y es allí, como identificada con el romanticismo de Esteban Echeverría, publica semanalmente poesías bajo diferentes seudónimos. Uno de los seudónimos utilizados fue "UNA JOVEN ARGENTINA" con el cual publicó una traducción de la novela en francés "El Egoísmo y la amistad o los defectos del orgullo" Manuel Oribe sitia Montevideo en 1842 y toda la familia Manso tuvo que exiliarse nuevamente, esta vez en Brasil. Allí publica historias y tratados filosóficos, pero la difícil situación económica hace que en 1843 regresen a Montevideo, pues es nombrada directora de una escuela de niñas.
Publica las poesías “Una tumba” y “Una lágrima para ella” en El Nacional y un Manual para la educación de niñas. Contrae matrimonio con Francisco de Sáa Noronha, un violinista apenas discreto que la hizo incursionar por giras en Estados Unidos, Cuba y Brasil. Con él tiene dos hijas. Junto a su esposo, Manso escribió obras teatrales, obteniendo varios éxitos. Durante su estancia en Brasil funda el periódico O JORNAL DAS SENHORAS. Modas Literatura, Bellas Artes, Teatro y Crítica (publicado entre 1852 y 1854) considerado el primer periódico feminista latinoamericano. Publica en este periódico en forma de folletín Misterios del Plata, desde el 4 de enero hasta el 2 de junio de 1852. También una serie de notas tituladas "Emancipación moral de la mujer" privilegiando la acción y definición de la misma como sujeto social y no como víctima de las circunstancias. También publica artículos contra el racismo y la esclavitud, partituras, poemas y crónicas de viaje. Al enterarse de la muerte de su padre que hasta ese momento hacía de mecenas, su esposo la abandona y con sus dos hijas regresa a Buenos Aires luego de la caída de Rosas.
"Quiero probar que la inteligencia de la mujer, lejos de ser un absurdo o un defecto, un crimen o un desatino, es su mejor adorno, es la verdadera fuente de su virtud y de la felicidad doméstica. La sociedad es el hombre: él solo ha escrito las leyes de los pueblos, sus códigos; por consiguiente, ha reservado toda la supremacía para sí; el círculo que traza en derredor de la mujer es estrecho inultrapasable, lo que en ella clasifica de crimen, en él lo atribuye a la debilidad humana; de manera que, aislada la mujer en medio de su propia familia, de aquella de que Dios la hizo parte integrante, segregada de todas las cuestiones vitales de la humanidad por considerarse la fracción más débil, son con todo obligadas a ser ellas las fuertes y ellos en punto a tentaciones, son la fragilidad individualizada en el hombre".
Por su condición de mujer los diarios y publicaciones la atacaron constantemente, hasta el punto de denigrarla nombrándola con epítetos salvajes. Eso quebrantó su salud. Enferma y cansada muere a los 55 años de hidropesía, enterrada en el Cementerio británico porque se negó a recibir la extremaunción. Sus amigos vieron en esta última voluntad una muestra de su coherencia entre sus pensamientos y su modo de vivir y morir. Recién en 1915, sus restos fueron trasladados al panteón de Maestros del Cementerio de la Chacarita de Buenos Aires. La poetisa Juana Manuela Gorriti despidió sus restos y en su oratoria aclamó "Juana Manso gloria de la educación, sin ella nosotros seríamos sumisas, analfabetas, postergadas, desairadas. Ella es el ejemplo, la virtud y el honor que ensalza la valentía de la mujer, ella es, sin duda, una mujer".
