En 1501, a los 17 años, Lutero ingresó en la Universidad de Érfurt, donde tocaba el laúd y recibió el apodo de El filósofo. El joven estudiante recibió el grado de bachiller en 1502 y una maestría en 1505, como el segundo de 17 candidatos. Siguiendo los deseos de su padre, se inscribió en la Facultad de Derecho de esta universidad. Pero todo cambió durante una tormenta eléctrica en 1505. Un rayo cayó cerca de él mientras se encontraba de regreso de una visita a la casa de sus padres. Aterrorizado, gritó: «¡Ayuda Santa Ana! ¡Me haré monje!». Salió con vida y abandonó la carrera de Derecho, vendió sus libros con excepción de los de Virgilio y entró en el monasterio agustino de Erfurt el 17 de julio de 1505. El joven Lutero se dedicó por completo a la vida del monasterio, empeñándose en realizar buenas obras con el fin de complacer a Dios y servir a otros mediante la oración por sus almas. Se dedicó con mucha intensidad al ayuno, a las flagelaciones, a largas horas en oración, al peregrinaje y a la confesión constante. Cuanto más intentaba agradar a Dios, más se daba cuenta de sus pecados.
Johann von Staupitz, el superior de Lutero, concluyó que el joven necesitaba más trabajo para distraerse de su excesiva reflexión, y ordenó al monje que comenzara una carrera académica. En 1507 Lutero fue ordenado sacerdote, y en 1508 comenzó a enseñar Teología en la Universidad de Wittenberg. Lutero recibió su grado de bachiller en Estudios Bíblicos el 9 de marzo de 1508. Dos años después realizó una visita a Roma, que lejos de redituarle espiritualmente, le causó una gran decepción al percatarse del estado vano y mundano en el cual había caído la curia romana. El 19 de octubre de 1512, Martín Lutero recibió el grado de Doctor en Teología y el 21 de octubre de 1512 fue "recibido en el Senado de la Facultad de Teología", dándole el título de Doctor en Biblia. En 1515 fue nombrado vicario de su orden, quedando bajo su cargo once monasterios.
Las ansias de obtener grados académicos llevaron a Martín Lutero a estudiar las Escrituras en profundidad. Influenciado por la vocación humanista de ir ad fontes («a las fuentes»), se sumergió en el estudio de la Biblia y de la Iglesia primitiva. Debido a esto, términos como la penitencia y la probidad tomaron un nuevo significado para Lutero, convencido ahora de que la Iglesia había perdido la visión de varias verdades centrales que el cristianismo enseñaba en las Escrituras, siendo una de las más importantes de ellas la doctrina de la justificación sólo por la fe. Lutero empezó a enseñar que la salvación es un regalo exclusivamente de Dios, dado por la gracia a través de Cristo y recibido solamente por la fe. Más tarde, Lutero definió y reintrodujo el principio de la distinción propia entre la Ley de Moisés y los Evangelios que reforzaban su teología de la gracia. Como consecuencia, Lutero creía que su principio de interpretación era un punto inicial esencial en el estudio de las Escrituras. Notó que la falta de claridad al distinguir la Ley Mosaica de los Evangelios era la causa de la incorrecta comprensión del Evangelio de Jesús en la Iglesia de su época, institución a la que responsabilizaba de haber creado y fomentado muchos errores teológicos fundamentales.
Una indulgencia es la remisión (parcial o total) del castigo temporal, que aún se mantiene, por los pecados, después de que, la culpa ha sido eliminada por absolución. En aquella época, cualquier persona podía comprar una indulgencia, ya fuera para sí misma o para sus parientes muertos que permanecían en el Purgatorio. El fraile dominico Johann Tetzel había sido reclutado para viajar por los territorios episcopales de Alberto de Brandeburgo (Arzobispo de Maguncia) vendiendo indulgencias, con el dinero obtenido por dicho medio, se esperaba financiar la edificación de la Basílica de San Pedro en Roma, Italia, y comprar un obispado para Alberto de Hohenzollern. Lutero vio este tráfico de indulgencias, no solo como un abuso de poder, sino como una mentira, que no teniendo base en las Escrituras podría confundir a la gente y llevarla a confiar solamente en la mentira de las indulgencias, dejando de lado la confesión y el arrepentimiento verdadero. Lutero predicó tres sermones contra las indulgencias en 1516 y 1517. Pero su enojo siguió creciendo y, según la tradición, el 31 de octubre de 1517 fueron clavadas las 95 tesis en la puerta de la Iglesia del Palacio de Wittenberg como una invitación abierta a debatirlas. Las tesis condenaban la avaricia y el paganismo en la Iglesia como un abuso, y pedían una disputa teológica en lo que las indulgencias podían dar. Sin embargo, en sus tesis no cuestionaba directamente la autoridad del Papa para conceder indulgencias.
Las 95 tesis de Martín Lutero fueron traducidas rápidamente al alemán y ampliamente copiadas e impresas. Al cabo de dos semanas se habían difundido por toda Alemania y, pasados dos meses, por toda Europa. Este fue uno de los primeros casos de la Historia en los que la imprenta tuvo un papel importante, pues facilitaba una distribución más sencilla y amplia de cualquier documento. Después de hacer caso omiso a Lutero diciendo que era un "borracho alemán quien escribió las tesis" y afirmando que "cuando esté sobrio, cambiará de parecer", el Papa León X ordenó en 1518 al profesor dominico de teología Silvestre Mazzolini investigar el tema. Éste denunció que Lutero se oponía de manera implícita a la autoridad del Sumo Pontífice, al mostrar desacuerdo con una de sus bulas, por lo que declaró a Lutero hereje y escribió una refutación académica de sus tesis. En ella mantuvo la autoridad papal sobre la Iglesia y condenó cada "desviación" como una apostasía. Lutero replicó de igual manera y se desarrolló una controversia.
Mientras tanto Lutero tomó parte en la convención agustina en Heidelberg, donde presentó una tesis sobre la esclavitud del hombre al pecado y la gracia divina. En el curso de la controversia por las indulgencias, el debate se elevó hasta el punto de dudar del poder absoluto y de la autoridad del Papa, debido a que las doctrinas de "Tesorería de la Iglesia" y la "Tesorería de los Méritos", que servían para reforzar la doctrina y práctica de las indulgencias, se basaban en la bula Unigenitus (1343) del Papa Clemente VI. En vista de su oposición a esa doctrina, Lutero fue calificado de hereje, y el Papa, decidido a suprimir sus puntos de vista, ordenó llamarlo a Roma, viaje que no se realizó por problemas políticos. Lutero, que antes profesaba obediencia implícita a la Iglesia, negaba ahora abiertamente la autoridad papal y apelaba a que se efectuara un concilio. También declaraba que el papado no formaba parte de la inmutable esencia de la Iglesia original.
Los escritos de Lutero circulaban ampliamente por Francia, Inglaterra e Italia en 1519, y los estudiantes se dirigían a Wittenberg para escuchar a Lutero, quien publicaba ahora sus comentarios sobre la Epístola a los gálatas y su Operationes in Psalmos (Trabajo en los Salmos). Las controversias generadas por sus escritos llevaron a Lutero a desarrollar sus doctrinas más a fondo, y su "Sermón en el Sacramento Bendecido del Verdadero y Santo Cuerpo de Cristo, y sus Hermandades" extendió el significado de la eucaristía para el perdón de los pecados y el fortalecimiento de la fe en aquellos quienes la reciben, apoyando además a que se realizara un concilio para restituir la comunión.
El concepto luterano de "iglesia" fue desarrollado en su Von dem Papsttum zu Rom (En el Papado de Roma), una respuesta al ataque del franciscano Augustín von Alveld en Leipzig (junio de 1520); mientras que su Sermon von guten Werken (Sermón de Buenas Obras), publicado en la primavera de 1520, era contrario a la doctrina católica de las buenas obras y obras de supererogación (aquellas efectuadas por encima de los términos de la simple obligación), mantenía que las obras del creyente son verdaderamente buenas en cualquier llamado secular (o vocación) ordenado por Dios. Bajo estas circunstancias de crisis y confrontando a los nobles alemanes, Lutero redactó A la Nobleza Cristiana de la Nación Alemana (agosto de 1520), donde encomendó al laicado, como un sacerdote espiritual, la reforma requerida por Dios pero abandonada por el Papa y el clero. Por primera vez, Lutero se refirió públicamente al Papa como el Anticristo.
Las reformas que Lutero proponía no sólo se referían a cuestiones doctrinales, sino también a abusos eclesiásticos: la disminución del número de cardenales y demandas de la corte papal; la abolición de los ingresos del Papa; el reconocimiento del gobierno secular; la renuncia del papado al poder temporal; la abolición de los interdictos y abusos relacionados con la excomunión; la abolición del peregrinaje dañino; la eliminación del excesivo número de días santos; la supresión de los conventos de monjas, de la mendicidad y de la suntuosidad; la reforma de las universidades; la abrogación del celibato del clero; la reunificación con los bohemios y una reforma general de la moral pública.
Lutero escribió polémicas doctrinales en el Preludio en el Cautiverio Babilónico de la Iglesia, especialmente con respecto a los sacramentos. En lo que se refiere a la eucaristía, apoyaba que se devolviera el cáliz al laicado; en la llamada cuestión del dogma de la transustanciación, afirmaba la presencia real del cuerpo y la sangre de Cristo en la eucaristía, pero rechazaba la enseñanza de que la eucaristía era el sacrificio ofrecido a Dios. Con respecto al bautismo, enseñó que traía la justificación sólo si se combinaba con la fe salvadora en el receptor. Sin embargo, mantenía el principio de la salvación incluso para aquellos que más tarde cayeran y se reivindicasen.
Sobre la penitencia, afirmó que su esencia consiste en las palabras de la promesa de exculpación recibidas por la fe. Para él, sólo estos tres sacramentos podían ser considerados como tales, debido a su institución divina y a la promesa divina de salvación conectada con ellos. Estrictamente hablando, sólo el bautismo y la eucaristía son sacramentos, dado que sólo ellos tienen un "signo visible divinamente instituido": el agua en el bautismo y el pan y el vino en la eucaristía. Lutero negó en su documento que la confirmación, el matrimonio, la ordenación sacerdotal y la extrema unción fueran sacramentos. De manera análoga, el completo desarrollo de la doctrina de Lutero sobre la salvación y la vida cristiana se expuso en su libro En la libertad de un Cristiano (publicado el 20 de noviembre de 1520), donde exigió una completa unión con Cristo mediante la Palabra a través de la Fe, la entera libertad de un cristiano como sacerdote y rey sobre todas las cosas externas, y un perfecto amor al prójimo.
El Papa advirtió a Martín Lutero el 15 de junio de 1520 con la bula papal Exsurge Domine que se arriesgaba a la excomunión, a menos que en un plazo de sesenta días repudiara 41 puntos de su doctrina seleccionados de sus escritos. En octubre de 1520 Lutero envió su escrito En la Libertad de un Cristiano al Papa, añadiendo la frase significativa: "Yo no me someto a leyes al interpretar la palabra de Dios". Mientras tanto, se había rumoreado en agosto que Eck había arribado a Meissen con una prohibición papal, la cual se pronunció realmente el 21 de septiembre. Este último esfuerzo de Lutero por la paz fue seguido el 12 de diciembre por la quema de la bula, la cual tomaba efecto en un plazo de 120 días, y el decreto papal en Wittenberg, defendiéndose en su Warum des Papstes und seiner Jünger Bücher verbrannt sind y su Assertio omnium articulorum. El Papa León X excomulgó a Lutero el 3 de enero de 1521 mediante la bula Decet Romanum Pontificem.
La ejecución de la prohibición, sin embargo, fue evitada por la relación del Papa con Federico III de Sajonia y por el nuevo emperador Carlos V quien, viendo la actitud papal hacia él y la posición de la Dieta, encontró contraindicado apoyar las medidas contra Lutero. Este fue a Worms diciendo que "Iría allí aunque hubiese tantos demonios como tejas en los tejados". El 3 de enero de 1521 fue publicada en Roma la bula papal, Decet Romanum pontificem, por la que León X excomulgaba a Lutero. El emperador Carlos V inauguró la Dieta imperial de Worms el 22 de enero de 1521. Lutero fue llamado a renunciar o reafirmar su doctrina y le fue otorgado un salvoconducto para garantizar su seguridad.
Cuando Lutero tradujo la Biblia al idioma alemán, la gran mayoría de la sociedad era analfabeta. La Iglesia tenía el control del conocimiento, sus miembros eran estudiosos y educados, en contraste con la sociedad analfabeta que adquiría sus conocimientos a través de la transmisión oral, la memorización y la repetición de los textos bíblicos. Lutero hizo posible el acceso al conocimiento, la información y la educación, de mistificando la Biblia con el fin de lograr la búsqueda de la verdad. Lutero facilitó la propagación del protestantismo, siendo la primera persona que imprimió un libro, - la Biblia alemana - la cual tradujo de un manuscrito sagrado a la lengua materna de esa nación.
De esta forma le restó el poder a la Iglesia católica romana sobre el pueblo Alemán, y precursó la reforma protestante, que ocurrió gracias a la impresión de la Biblia que Lutero había traducido. La intención de Lutero era que el pueblo tuviera acceso directo a la fuente sin la necesidad de intermediarios, haciendo posible la interpretación libre de los textos sagrados y la erradicación del analfabetismo en la sociedad Alemana. La traducción de la Biblia la inició durante su estadía en el castillo de Wartburg en 1521. Estando escrita ésta en latín medieval, Lutero la tradujo al griego para posteriormente hacerlo al idioma alemán, con la ayuda de diccionarios en griego, latín, hebreo y alemán. Éste deseaba traducirla del griego al alemán, con la intención de revelar las escrituras con exactitud. Inicialmente sólo incluyó el Nuevo Testamento, ya que los textos originales del Antiguo Testamento no estaban escritos en latín o en griego. El Antiguo Testamento estaba escrito en caldeo-arameo (idioma celestial, que carece de vocales; compuesto por letras consonantes) y solamente los rabinos conocían qué letras se escribían. Lutero utilizó una edición griega del Nuevo Testamento que originalmente fue escrita en griego por Erasmo, texto que más tarde fue llamado Textus Receptus.
Durante el proceso de traducción, Lutero visitó pueblos y mercados cercanos con la intención de investigar el dialecto común de la lengua alemana. Escuchaba a las personas hablar, para así poder transcribir en lenguaje coloquial. La traducción se publicó en septiembre de 1522, lo que causo gran conmoción en la Iglesia católica romana. Lutero le dedicó la Biblia alemana a Federico El Sabio, a quien estimaba grandemente. Lutero tenía una mala percepción de los libros de Ester, Hebreos, Santiago, Judas y del Apocalipsis. Llamaba a la epístola de Santiago una "epístola de paja", encontrando que era muy poco lo que apuntaba a Cristo y su obra salvadora. También tenía duras palabras para el Apocalipsis, del que decía que no podía "de ninguna forma detectar que el Espíritu Santo lo haya producido". Tenía razones al cuestionar la apostolicidad de estos libros, debido a que la iglesia primitiva los catalogaba como antilegomena, lo que significaba que no eran aceptados sin reservas, al contrario que los canónicos. Aun así Lutero no los eliminó de su edición de las Escrituras. Lutero incluyó como apócrifos aquellos pasajes que, encontrándose en la Septuaginta griega, no lo estaban en los textos Masoréticos disponibles en aquel entonces. Estos fueron incluidos en las primeras traducciones, pero luego omitidos y calificados como "de buena lectura", pero no como Palabra inspirada por Dios. La exclusión de estos textos fue adoptada desde un comienzo por casi todos los evangélicos.
La primera traducción completa al alemán, inclusive el Antiguo Testamento, se publicó en 1534 en seis tomos y fue producto del esfuerzo común de Lutero, Johannes Bugenhagen, Justus Jonás, Caspar Creuziger, Philipp Melanchthon, Matthäus Aurogallus y George Rörer. Lutero continuó refinando su traducción durante el resto de su vida, trabajo que fue tomado como referencia para la edición de 1546, el año de su muerte. Como se ha mencionado anteriormente, el trabajo de traducción de Lutero ayudó a estandarizar el alemán del Sacro Imperio (desde el cual se construiría la nación alemana, en el siglo XIX) y es considerado como uno de los pilares de la literatura alemana. Lutero tuvo especial interés por la educación. En sus diálogos con George Spalatin en 1524 se planeó un sistema escolar, declarando que era deber de las autoridades civiles el proveer escuelas y el velar por que los padres enviaran a sus hijos a ellas. También apoyaba el establecimiento de escuelas primarias para la educación femenina.
Las opiniones de Lutero sobre los judíos han sido descritas como antisemitismo racial o religioso o como antijudaísmo. En los inicios de su carrera pensaba que los judíos no habían creído en Jesús a causa de los errores de los cristianos y de la proclamación de lo que para él era un evangelio impuro. Sugería que responderían favorablemente al mensaje evangélico si se les presentaba de la forma adecuada. Cuando descubrió que no era así, atacó con furia a los judíos. En su libro (Sobre los judíos y sus mentiras), publicado en 1543, escribió que debían realizarse contra los judíos acciones como quemar las sinagogas, destruir sus libros de oración, prohibir predicar a los rabinos, «aplastar y destruir» sus casas, incautarse de sus propiedades, confiscar su dinero y obligar a esos «gusanos venenosos» a realizar trabajos forzados o expulsarlos «para siempre».
Lutero compartía la creencia medieval de que la brujería existía y era antagónica al cristianismo. Es por ello que las brujas y los hechiceros fueron perseguidos tanto en los territorios protestantes como en los católicos. Lutero compartía algunas de las supersticiones sobre la brujería que eran comunes en su tiempo. Aseguraba incluso que las brujas, con la ayuda del demonio, podían robar leche simplemente al pensar en una vaca. En su Catecismo Menor Lutero enseña que la brujería era un pecado contra el segundo mandamiento.
El 17 de febrero de 1546, pasadas las 8 de la tarde de ese día, Lutero sufrió dolores en el pecho. Al irse a la cama oró diciendo: «En tus manos encomiendo mi espíritu; me has redimido, oh Señor, fiel Dios», tal y como se oraba habitualmente cuando llegaba la hora de la muerte. A la una de la madrugada despertó con un agudo dolor de pecho y fue envuelto con toallas calientes. Sabiendo que su muerte era inminente, le agradeció a Dios por haberle revelado a su Hijo, en quien él había creído. Sus compañeros Justus Jonás y Michael Coelius gritaron: «Reverendo padre, ¿está listo para morir confiando en su Señor Jesucristo y confesando la doctrina que enseñó en su nombre?» Un distintivo «sí» fue la respuesta de Lutero. Murió a las 2:45 del 18 de febrero de 1546 en Eisleben, la ciudad donde nació. Fue enterrado en la Iglesia del Palacio de Wittenberg, cerca del púlpito desde el cual había transformado al cristianismo.
