Por entonces llegaban hasta la zona las fuerzas patrióticas derrotadas en la batalla de Huaqui. Eran alrededor de 800 soldados, sin armas, afectados por el paludismo y completamente desmoralizados. Belgrano debía reorganizarlos, rearmarlos, restablecer la disciplina y dar ánimos a la población. Para ello se volvió riguroso e inflexible con sus subordinados. Para aumentar el fervor patriótico de la población hace bendecir la bandera de Argentina en la catedral, ignorando aún que la misma había sido rechazada por el Primer Triunvirato (ya que el uso de una bandera propia era un claro signo de independencia, pero aún no se deseaba abandonar la máscara de Fernando VII), lo cual motivó quejas de los mismos.
En lugar de enviar refuerzos para atender al Frente Norte, el Triunvirato, a través de su ministro Rivadavia, y seguramente por iniciativa suya, ordenó la retirada del Ejército del Norte hasta la ciudad de Córdoba. El gobierno consideraba imposible resistir al ejército de Pío Tristán, que avanzaba desde el Alto Perú, después de haber recibido refuerzos en Suipacha, que elevaban su dotación a 4.000 hombres. La intención del directorio era retroceder hasta Córdoba, donde a las tropas de Belgrano se unirían fuerzas procedentes de la región rioplatense. Ni siquiera el llamado a las armas de todos los ciudadanos entre 16 y 35 años, y la formación de un cuerpo irregular de caballería, los Patriotas decididos a las órdenes de Eustoquio Díaz Vélez, permitían a Belgrano oponer cabalmente resistencia sin aquellas.
El ejército español se presentó con cerca de 3.000 soldados, comandados por Pío Tristán. Como respuesta, el 29 de julio Belgrano dictó un bando que disponía la retirada: "Desde que puse el pie en vuestro suelo para hacerme cargo de vuestra defensa, en que se halla interesado el Excelentísimo Gobierno de las Provincias Unidas de la República del Río de la Plata, os he hablado con verdad. Siguiendo con ella os manifiesto que las armas de Abascal al mando de Goyeneche se acercan a Suipacha; y lo peor es que son llamados por los desnaturalizados que viven entre nosotros y que no pierden arbitrios para que nuestros sagrados derechos de libertad, propiedad y seguridad sean ultrajados y volváis a la esclavitud. Llegó, pues, la época en que manifestéis vuestro heroísmo y de que vengáis a reuniros al Ejército de mi mando, si como aseguráis queréis ser libres (...)"
La orden especificaba que la retirada debía dejar sólo campo raso frente al enemigo, de modo de no facilitarle casa, alimento, ganado, mercancías ni cosa alguna que le fuera utilizable. Los cultivos fueron cosechados o quemados, las casas destruidas, y los productos comerciales enviados a Tucumán. El rigor de la medida debió respaldarse con la amenaza de fusilar a quienes no cumplieran la orden. La población acató sin mayores actos la medida a partir de los primeros días de agosto, demorándose algo más los vecinos pudientes, que requirieron de Belgrano carretas para transportar sus bienes. Siguiendo las órdenes de Belgrano, los habitantes de Jujuy, a los que se sumaron algunos refugiados procedentes de Tarija y Chichas, abandonaron sus hogares y arrasaron con todo lo que dejaban atrás, a fin que las fuerzas realistas no pudiesen aprovechar ninguno de sus bienes y dejándolos sin víveres para sus tropas.
El ejército finalmente comenzó también su retirada el 23 de agosto en horas de la tarde; se arreó el ganado y se prendió fuego a las cosechas para desguarnecer al enemigo. Belgrano fue el último en dejar la ciudad deshabitada. Los irregulares del coronel Díaz Vélez, encargados antes de observar la frontera noroeste para cuidar de los movimientos de Tristán, quedarían a la retaguardia. La marcha cubriría 50 km diarios, el quíntuple de lo recomendable, para buscar cobijo hacia el oeste. El general Tristán envió sus avanzadas a hostilizar a los que se retiraban, dirigidos por el coronel Huici. Éste alcanzó a la columna sobre el río de las Piedras, entablándose el combate de Las Piedras. La rápida reacción de Díaz Vélez logró allí una victoria, cayendo en poder de los independentistas el mismo Huici.
El éxito obtenido en el combate de Las Piedras alentó a Belgrano a detener la marcha. Ya desde antes, Belgrano se había apercibido que retirándose hasta Córdoba en espera de la ofensiva de los realistas, éstos podrían fácilmente esquivar las defensas en Córdoba y avanzar directamente sobre Buenos Aires. De modo que, invitado por los tucumanos, y desobedeciendo las órdenes impartidas desde Buenos Aires de retirarse hasta la ciudad de Córdoba, se haría fuerte en San Miguel de Tucumán, donde hizo frente a Tristán. Comunicó esta decisión al Triunvirato, pero Rivadavia le contestó ordenándolo nuevamente seguir viaje hacia Córdoba. Cuando esa orden llegó, Belgrano -junto con Díaz Vélez en su carácter de mayor general- ya habían derrotado a Tristán en la batalla de Tucumán y habían obligado a las tropas realistas a retroceder hacia el norte. De ese modo, los independentistas recuperaron el control de esa región, control que se hizo completo con una segunda y más completa victoria en la batalla de Salta. Por otro lado, la victoria de Tucumán causó la caída del Primer Triunvirato y su reemplazo por el Segundo, que apoyó más decididamente al Ejército del Norte sin descuidar a Montevideo.
El éxodo jujeño es recordado con gran estima por los habitantes de Jujuy, que cada 23 de agosto conmemoran el mismo. Se considera que la acción de los jujeños de 1812 constituyó un gran acto de heroísmo colectivo que permitió las derrotas posteriores de los españoles. En el año 2012 se celebrará el bicentenario del éxodo. En Octubre 28 de 2002 es promulgada Ley 25.664 originada en un proyecto presentado en el Senado argentino por la cual se declara el día 23 de agosto de cada año, y en conmemoración de la Gesta del" EXODO JUJEÑO", a la provincia de Jujuy como Capital Honorífica de la Nación Argentina.
