Fue una persona que supo sostener sus convicciones. Al terminar la educación secundaria indicó a su padre que él deseaba ser jesuita. Como él le pidiera que se ordenara antes de sacerdote, estudió filosofía y teología. Ordenado, durante un año se desempeñó como Vicario en una parroquia. Ingresó a la Compañía en el Noviciado de Feldkirch, Austria, el 1 de octubre de 1900. Más tarde él mostraría igual firmeza en la oposición al Movimiento Nacional Socialista de Adolfo Hitler.El Padre Mayer fue destinado en 1912 a Munich y ahí dedicó el resto de su vida. Respondía a las necesidades de la gente moviéndose en la ciudad en búsqueda de empleos para los cesantes. Reunía alimento y ropa, y buscaba trabajos y casas.
El campo de su acción cambió al entrar Alemania en la Primera Guerra mundial. El P. Ruper Mayer ingresó al ejército como voluntario. Primero fue capellán en un Hospital y después acompañó a los soldados en las campañas de Francia, Polonia y Rumania. Se distinguió por su valor al animar a los soldados que estaban en las primeras líneas de las batallas. Fue condecorado, por su valentía, con la Cruz de Hierra en diciembre de 1915. Su permanencia en el ejército terminó abruptamente cuando su pierna izquierda fue malamente herida el 20 de diciembre de 1916, debiendo ser amputada.
Él regresó a Munich, donde la gente sufría las consecuencias de la guerra. Y una vez más, el infatigable jesuita se movió entre la población tratando de ayudar a todo el que tuviera necesidad. Como Asesor de la Congregación Mariana de hombres debió multiplicar su trabajo al aumentar extraordinariamente el número de congregantes y tener que predicar hasta 70 veces en el mes. Él introdujo las Misas dominicales en los terminales ferroviarios para conveniencia de los viajeros. Si Munich hubiera sido una única parroquia, él, sin duda, era el párroco de todos.
Cuando los Movimientos comunista y socialista crecieron, el P. Rupert Mayer asistió a sus “meetings” e incluso participó con sus sermones contradiciendo a los oradores, sosteniendo los principios católicos y mostrando lo que él veía de equivocado en lo que los otros decían. De una manera especial se opuso a los esfuerzos que hacían los partidarios de Hitler para llevarlo al poder. Y él siempre sostuvo que un católico no podía dar su nombre al Nacional Socialismo. Pero más que una instancia política, la suya era una respuesta a lo que él veía de mal.
Con la designación de Hitler como Canciller del Reich, en enero de 1933, comenzó en casi toda Alemania el movimiento contra las iglesias y las escuelas católicas. Y el P. Mayer usó el púlpito de la iglesia jesuita de San Miguel, en el centro de Munich, para denunciar la persecución.
El 16 de mayo de 1937 la Gestapo le ordenó terminar con sus predicaciones en público, porque ella no podía seguir tolerando su influencia cada día mayor entre el pueblo. Él obedeció, excepto en lo que se refería al interior del templo, donde continuó predicando. Fue arrestado el 5 de junio y puesto en prisión, la primera de tres veces. Estuvo en la Prisión de Stadelheim hasta que el tribunal, seis semanas después, le suspendió la sentencia.
Los Superiores, entonces, le pidieron cautela, pero él continuó defendiendo en el púlpito a la Iglesia de los ataques de los Nazis. Y de nuevo fue arrestado y la sentencia le fue diferida por varios meses, hasta que una amnistía general lo dejó libre. Regresó a Munich y, en pequeños grupos continuó su trabajo.
Los Nazis lo arrestaron de nuevo el 3 de noviembre de 1939, a pesar de que él tenía ya 63 años de edad. Y lo enviaron al campo de concentración de Oranienburg-Sachsenhausen, cercano a Berlín. Después de siete meses en ese campo, su salud empezó a deteriorarse, tanto que hasta los oficiales a cargo del campo temieron por su vida. Y ellos no querían hacer un mártir de ese popular sacerdote. Lo llevaron entonces a la Abadía benedictina de Ettal, en los Alpes bávaros, donde quedó confinado hasta que los soldados americanos lo liberaron en mayo de 1945.
El Padre Rupert Mayer volvió de inmediato a Munich y reasumió su ministerio sacerdotal en la iglesia de San Miguel. Pero los años pasados en prisión lo habían debilitado en gran manera.
El 1 de noviembre de 1945, en la fiesta de Todos los Santos, sufrió un fuerte ataque cardíaco mientras celebraba la Misa en su iglesia de San Miguel. Perdió el conocimiento y murió poco después.
Su causa de canonización empezó en marzo de 1950 y fue beatificado el 3 de mayo de 1987 por el Papa Juan Pablo II en el Estadio Olímpico de Munich.
