Vivió su infancia en Irapuato, y a sus 13 años se fue al Seminario Diocesano de León. En 1947 fue enviado a Universidad Gregoriana, a estudiar teología. Ahí es ordenado sacerdote. En 1954 regresa a León, Guanajuato, y al poco tiempo es designado rector del seminario. En 1959 es designado Obispo de Chiapas, en el estado de Chiapas, México. Esta diócesis se caracteriza por su extrema pobreza y por tener una población mayoritariamente indígena. Durante años estableció un sistema de ayuda de la diócesis hacia la población indígena.
Samuel Ruiz García prestó su colaboración como mediador en varios conflictos latinoamericanos. En especial cumplió funciones de mediador en el conflicto de Chiapas entre el indigenista Ejército Zapatista de Liberación Nacional y el gobierno federal mexicano. Ejerció de obispo en San Cristóbal de las Casas hasta 1999. En el año 2000 fue distinguido con el Premio Simón Bolívar de la Unesco por su especial compromiso personal y su papel en tanto que mediador, contribuyendo así a la paz y al respeto de la dignidad de las minorías. Su última sede parroquial fue la sagrada familia de Nazareth en la ciudad de Santiago de Querétaro.
El 2001 recibió el Premio Internacional de Derechos Humanos de Núremberg, por su infatigable defensa de los derechos humanos de los pueblos indígenas de Chiapas, México, durante más de dos décadas. Recibió el doctorado honoris causa por la Universidad Iberoamericana, en 1997 por la Universidad Autónoma de Barcelona y en 2001 por la Universidad Autónoma de Sinaloa. En abril de 2008 es nombrado por el Ejército Popular Revolucionario mediador, junto con otros intelectuales mexicanos ante el gobierno federal del presidente Felipe Calderón Hinojosa.
Murió el 24 de enero de 2011 a las 10 de la mañana en el Hospital Ángeles del Pedregal, en la Ciudad de México. Fue señalado como uno de los autores de los ataques guerrilleros suscitados en el estado de Chiapas, en el año de 1994. El gobierno del entonces presidente mexicano Ernesto Zedillo (1994-2000) lo acusó de esgrimir "una ideología de la violencia" por su trabajo con las comunidades de las que surgió la guerrilla del Subcomandante Marcos y su apoyo a sus reivindicaciones sociales.
A Samuel Ruiz García se le relacionó ampliamente con la corriente llamada Teología de la Liberación. En la década de los años ochenta y noventa, en la pastoral social de Ruiz se formaron algunas de las primeras organizaciones no gubernamentales dedicadas a la protección de los derechos humanos en México, por ejemplo el Centro de Derechos Humanos Fray Bartolomé de las Casas (1989).
