Este no fue el primer bombardeo en alfombra para destruir una población civil, pues de hecho constituía un objetivo militar vital en ese momento, a fin de cortar la retirada y el aprovisionamiento a las tropas del Frente Popular en la campaña de Vizcaya. Sin embargo, gracias a la calificación como "ataque a la población civil", la repercusión internacional que alcanzó este bombardeo unido a su utilización propagandística, ha hecho que sea una masacre mundialmente conocida y considerada como un icono antibélico.
Debido a ello, la tragedia fue instrumentalizada por ambos bandos y mitificada con fines propagandísticos. En un principio los sublevados atribuyeron la destrucción de la ciudad a los republicanos, como había sucedido en Eibar e Irún, pero pronto se reveló al mundo la realidad de los hechos debido a la presencia en Bilbao de varios periodistas ingleses de importancia como George Steer (The Times). El gobierno de Juan Negrín utilizó el bombardeo como insignia del antifranquismo, adaptando Pablo Picasso uno de sus cuadros para la Exposición Internacional de París de 1937. Esta obra se convertiría en uno de los iconos más sobresalientes de la pintura del siglo XX y del antibelicismo.
Tampoco fue el primer bombardeo contra civiles que habían llevado a cabo los aliados de los nacionales en Vizcaya, dado que un mes antes aviones italianos habían bombardeado Durango el 31 de marzo durante 20 minutos, causando unos 294 muertos). Tampoco fue la primera vez que la población civil fue atacada (en febrero de 1937, la misma Legión Cóndor había ametrallado a la columna de refugiados civiles en la carretera entre Málaga y Almería causando cientos de víctimas). Ni tampoco fue la última, puesto que en 1938 las ciudades de Barcelona, con los bombardeos de marzo y Alicante, con el bombardeo del 25 de mayo, fueron también los civiles los objetivos. Del mismo modo, cabe señalar que la aviación republicana ya había realizado bombardeos sobre poblaciones bajo control "nacional" como Oviedo, Zaragoza o Córdoba, en agosto de 1936, y en 1938 arrasaría la población de Cabra.
Guernica, capital cultural e histórica vasca, tenía antes del ataque una población de unas 5.000 personas, a las que habría que añadir un gran número de tropas, que se retiraban para preparar la defensa de Bilbao, y refugiados que huían del avance de las tropas franquistas. En ese momento no tenía ningún tipo de defensa antiaérea, aunque sí tenía tres fábricas de armas, una de ellas de bombas de aviación.
La Legión Cóndor tenía como jefe del Estado Mayor al Teniente Coronel Wólfram von Richthofen (primo del histórico aviador de la Primera Guerra Mundial Manfred von Richthofen, más conocido como el Barón Rojo), que ordenó, al parecer, el bombardeo y que en su diario personal admitía que en Guernica se había portado "muy maleducadamente". El ataque empezó a las 4:30 de la tarde. Aunque posteriormente se dijo que el objetivo de la operación era la simple voladura de un puente, el hecho real es que tanto el puente como una fábrica de armas, situada en las afueras de la población, resultaron intactos, siendo muy improbable que las bombas lanzadas a 3.600 metros de altura impactaran en un puente de 15 metros y habida cuenta de que los aviones cargaban además bombas incendiarias.
La Legión Cóndor alemana era la encargada de llevar a cabo misiones aéreas por toda España, como apoyo de la Alemania nazi a las tropas de Franco. Al parecer, el objetivo del bombardeo fue simplemente aterrorizar a la población civil y desmoralizar al bando republicano.
Sin embargo, el ataque fue devastador: los bombarderos lanzaron una gran cantidad de bombas medianas de 250 Kg., livianas de 50 Kg. y más de tres mil proyectiles incendiarios de aluminio de 1 Kg. sobre el casco urbano de la ciudad. Los cazas Heinkel He 51, entretanto, disparaban en vuelo rasante a las tropas que huían del lugar.
La destrucción fue tan grande que provocó un intenso humo, por lo que los últimos bombarderos, al no poder ver los objetivos, descargaron las bombas a ciegas. A las 7:30 de la tarde terminó el ataque, no pudiéndose apagar totalmente el incendio hasta el día siguiente, en gran parte debido a la inexistencia de un parque de bomberos (que los dirigentes nacionalistas vascos consideraban innecesario)
Nunca ha llegado a saberse cifras oficiales de víctimas ni existen datos fiables sobre el número exacto, pues la propaganda de entonces, impulsada por periódicos ingleses, quería dar una imagen "de lo que iba a ocurrir con Hitler en el futuro", exagerando el número de víctimas y elevándolos incluso a tres mil. Siguiendo esta línea, hay versiones que hablan de entre cien y mil seiscientos, y hay estimaciones que la cifra más probable sea de mil muertos. Sin embargo, los datos más actuales apuntan entre 250 y 300 muertos.
El 70% de los edificios de la ciudad fue totalmente destruido por el incendio, que no se pudo apagar hasta el día siguiente, y el 20% gravemente dañados. Los lugares históricos vascos, la Casa de Juntas de Guernica (histórico lugar de reunión de las asambleas que regían Vizcaya y sede de su archivo histórico) y el anexo Árbol de Guernica, símbolo ancestral del pueblo vasco, no fueron afectados por el bombardeo. El cercano puente que se afirmó luego era el objetivo, quedó intacto.
Se dio la circunstancia de que el Árbol de Guernica iba a ser talado por uno de los soldados de las tropas del bando sublevado. En aquel momento, el batallón carlista se dirigió a la Casa de Juntas donde rindió honores al Árbol de Guernica, poniéndole una guardia de honor como símbolo de los fueros. Antes de que llegaran los requetés, sin embargo, ya se había montado una protección en torno a la Casa de Juntas y el Árbol, a cargo de soldados marroquíes de Regulares de Tetuán nº 1. Cumplían órdenes del general Emilio Mola, jefe del Ejército del Norte, indignado por el bombardeo y que había dado órdenes estrictas de proteger los símbolos forales. Los requetés, al mando del capitán navarro Jaime del Burgo, relevaron a los soldados de Regulares.
Otros sostienen que Guernica constituía un centro clave de comunicaciones para las tropas republicanas. Existía también una discrepancia entre el mando alemán y el español sobre la dirección de las operaciones. Los alemanes preconizaban un avance más rápido, basado en la capacidad destructiva de la aviación, y estimaron que la destrucción del puente del barrio de Rentería de Guernica, el último antes de la ría, dejaría bloqueados en la ribera derecha el material pesado y los pertrechos de las fuerzas enemigas en retirada. El mando español, por el contrario, era más prudente en el avance por un terreno de orografía difícil y frente a un enemigo que nunca dejaron de respetar.
El ejército alemán utilizó los efectos del bombardeo como arma política en la guerra fría que mantenía con Inglaterra, y les interesó que la prensa mundial exagerase los resultados. Así, Guernica habría sido una especie de ensayo de lo que luego serían los bombardeos masivos de la Segunda Guerra Mundial. Se suele afirmar también que el bombardeo fue una venganza por el linchamiento por parte de la población civil de Adolf Herman, un piloto de un bombardero, derribado en 1937.
El bombardeo de Guernica se ha convertido en un símbolo de los horrores de la guerra para todo el mundo. El hecho tuvo un gran impacto en su época, inspirando a Pablo Picasso su más famoso cuadro, el Guernica, que expuso por primera vez en el pabellón de España en la Exposición Internacional de París de 1937, y al ilustre escritor Blas de Otero que escribió un poema del mismo nombre, como también la chilena y premio Nóbel de Literatura Gabriela Mistral, que escribió un poema titulado Árbol de Guernica.
