Después de la negativa de Jinnah, algunos ancianos rohinyás que apoyaban movimientos yihadistas, fundaron el partido Mujahid en el norte de Arakán en 1947. El objetivo del partido Mujahid era crear un Estado musulmán autónomo en Arakán. En la década de 1950, comenzaron a usar el término "Rohinyá", que puede ser una derivación del término Rooinga para establecer una identidad distinta e identificarse como si fueran indígenas de Birmania. Fueron mucho más activos antes del golpe de Estado birmano de 1962 por el General Ne Win, un general birmano que comenzó su carrera militar luchando por los japoneses en la Segunda Guerra Mundial. Ne Win llevó a cabo operaciones militares contra ellos durante un período de dos décadas. La más prominente fue la Operación Rey Dragón, que tuvo lugar en 1978; como resultado, muchos musulmanes de la región regresaron a la vecina Bangladesh, de donde habían inmigrado previamente. Según Amnistía Internacional, los musulmanes rohinyás han sufrido violaciones a sus derechos humanos bajo la Junta birmana desde 1978 por su oposición a la formación de un estado budista en Birmania, y como resultado muchos han huido a la vecina Bangladés.
A partir de mayo de 2012 fueron víctimas de la violencia antimusulmana instigada por el movimiento 969 liderado por el monje budista Ashin Wirathu. El Gobierno de Birmania ha secundado esta política antimusulmana y ha recluido a más de 140 000 personas en el gueto de Aungmingalar, situado en el centro de la ciudad de Sittwe y en la docena de campos de desplazados internos en el Estado de Rakáin. Allí viven en condiciones infrahumanas y sin que nadie pueda entrar o salir de ellos sin el permiso de las autoridades. Sobreviven gracias a las raciones que reparte el Programa Mundial de Alimentos y al trabajo de diversas ONG internacionales, que han sufrido los ataques de los budistas extremistas.
