Esta epopeya marinera de los portugueses, junto al espíritu de aventura y de lucro, reveló también su formidable espíritu apostólico y misionero, encarnado sobre todo en los miembros de la Orden de Cristo. Bajo el reinado de Juan I, su hijo Enrique el Navegante (1394-1460), gran maestre de esta Orden militar, fundó en Segres la primera escuela naval del mundo, y alentó a la Corona y a su pueblo en los viajes y descubrimientos, así como en las luchas contra el Islam y en la difusión misionera de la fe. Desde su convento de Thomar, abierto al Atlántico, en directa dependencia del Papa y sin mediación de ningún obispo, Enrique rigió las iglesias locales de todos los territorios descubiertos y evangelizados.
Por eso, cuando Colón regresó de su primer viaje, los Reyes Católicos se dieron prisa, como sabemos, en conseguir del Papa Alejandro VI las Bulas Inter cætera, de 1493, que concedían a Castilla las islas y tierras que se exploraran. Los portugueses, que deseaban más espacio para su ruta a la India y que pretendían también extender su dominio sobre el Brasil, negociaron laboriosamente, hasta conseguir con los Reyes de Castilla en 1494 el Tratado de Tordesillas, que alejaba la línea referida bastante más allá, a 370 leguas de las Azores. En términos actuales, esta línea partía verticalmente el Brasil por el meridiano 46º 37´, es decir, dejaba en zona española por el sur Sao Paulo, y por el norte Belém.
Pocos años después, en 1500, una expedición portuguesa conducida por Cabral, al desviarse de la ruta de las especias, arribó a las costas del Brasil. Era la primera vez que los portugueses llegaban a América. Pero la tarea de colonización paulatina no se inició hasta el 1516. Las originales atribuciones que Enrique el Navegante tenía como gran maestre de la Orden de Cristo pasaron a la Corona portuguesa, desde que en 1514 el rey era constituido gran maestre de dicha Orden. De este modo, aquella antigua y curiosa forma de gobierno pastoral de las nuevas iglesias pervivió durante siglos, sin mayores variaciones, en el sistema del Patronato regio. En efecto, la Curia romana advirtió desde el primer momento que las audaces navegaciones portuguesas entrañaban inmensas posibilidades misioneras. Y por eso encomendó a la Orden de Cristo, de antiguo encargada de proteger la Cruz y de rechazar el Islam, la misión de evangelizar el Oriente y el nuevo mundo americano que se abría para la Iglesia.
De hecho, la Corona portuguesa fue la impulsora de un gran movimiento misional. Entre 1490 y 1520 envió misioneros a fundar en el Congo un reino cristiano. En 1503 envió franciscanos al Brasil, recién explorado -Frey Henrique fue quien celebró allí la primera misa-. Y cuando en 1542 arribó San Francisco de Javier a Goa, base portuguesa en la India, llegó como legado del rey lusitano. En coherencia a esta situación histórica, el Papa León X, en la Bula Præcelsæ Devotionis (1514), concedió al rey de Portugal una autoridad semejante a la que el rey de Castilla había recibido por la Bula Dudum siquidem (1493) para la evangelización de América.
Brasil era un mosaico de cientos de tribus diversas, aunque puede hablarse de algunos grupos predominantes. Los nativos de la cultura tupí-guaraní se extendían a lo largo de la costa occidental. Los tupís practicaban con frecuencia el canibalismo, y también la eugenesia, es decir, mataban a los niños que nacían deformes o con síntomas de subnormalidad. Con algunas excepciones sangrientas, no ofrecían a los avances portugueses especial resistencia. Los nativos de la cultura ge ocupaban la meseta central, los arawak se asentaban al norte, y los feroces caribes en la cuenca del Amazonas.
