En el escondite (LA CASA DE ATRÁS) había ocho personas: sus padres, Otto y Edith Frank; ella y su hermana Margot; Fritz Pfeffer, un dentista judío (al que Ana dio el nombre de Albert Dussel en su Diario), y la familia van Pels, formada por Hermann y Auguste van Pels y el hijo de ambos, Peter. Durante aquellos años, Ana escribió su Diario, en el que describía su miedo a vivir escondida durante años, sus nacientes sentimientos por Peter, los conflictos con sus padres, y su vocación de escritora. Pocos meses antes de ser descubiertos, empezó a reescribir su Diario con la idea de publicarlo tras la guerra. Después de más de dos años, un informador holandés guió a la GESTAPO a su escondite, allí fueron arrestados. El 2 de septiembre de 1944 toda la familia fue trasladada en tren, al campo de concentración en el noreste de Holanda a Auschwitz, viaje que les llevó tres días.
El 5 de julio de 1942, Margot Frank recibió un aviso ordenándole presentarse para deportación hacia un campo de trabajo. Ana fue entonces informada de un plan que Otto había preparado con sus empleados de mayor confianza, y que ya conocían Edith y Margot desde hacía pocos días. La familia se escondería en cuartos camuflados en las instalaciones de la empresa. El 9 de julio de 1942, la familia se mudó al escondite preparado y su antiguo apartamento fue dejado en desorden para hacer pensar que había sido abandonado de manera súbita, Otto Frank dejó una nota de la que se podía deducir que habían logrado escapar hacia Suiza. Como los judíos no podían utilizar los transportes públicos debieron caminar varios kilómetros desde su casa hasta el refugio, portando cada uno todas las vestimentas que pudieron, dado que no podían correr el riesgo de ser vistos con equipajes.
“LA CASA DE ATRÁS”, era un espacio de tres pisos en la parte posterior del edificio con acceso a un patio detrás de las oficinas. En el primer nivel había dos pequeñas habitaciones, con un baño adjunto sobre el que se encontraba una gran habitación, con otra más pequeña adjunta. De esa habitación pequeña se subía hacia el ático. La puerta fue cubierta con una estantería para que no se la pudiera ver. Ana se referiría más tarde a este espacio como el anexo secreto. A finales de julio, se les unió la familia van Pels y más tarde en noviembre llegó Fritz Pfeffer (Albert Dussel), dentista y amigo de la familia. Ana escribió sobre lo bueno que era tener otras personas con quién hablar, pero las tensiones rápidamente se presentaron en este grupo de personas que debían compartir confinados este escondite.
Ana pasaba la mayor parte de su tiempo leyendo y estudiando, al tiempo que continuaba escribiendo en su diario. Además de narrar los eventos transcurridos, Ana escribía sobre sus sentimientos, creencias y ambiciones, temas de los que no hablaba. Al sentirse más segura sobre su forma de escribir, al mismo tiempo que crecía y maduraba, escribía sobre temas más abstractos, como sus creencias en Dios, o sobre cómo definía ella la naturaleza humana. Escribió regularmente hasta su anotación final, el 1 de agosto de 1944.
La mañana del 4 de agosto de 1944 la GESTAPO asaltó la “LA CASA DE ATRÁS” siguiendo una pista de un informador que nunca fue identificado. Conducido por el Sargento del Cuerpo de Protección (SS), el grupo contaba con al menos tres miembros de la Policía de Seguridad. Llevaron a los miembros de la casa a un campo en Westerbork. Siendo aparentemente un campo de tránsito por el que hasta ese momento habían pasado más de 100.000 judíos, el 2 de septiembre el grupo fue deportado en el que sería su último traslado desde Westerbork hasta el campo de concentración de Auschwitz. Tras tres días de viaje llegaron a su destino, y los hombres y mujeres fueron separados según su sexo, para no volverse a ver más. De los 1.019 pasajeros, 549 – incluyendo niños menores de 15 años – fueron seleccionados y enviados directamente a las cámaras de gas, en las que fueron asesinados. Ana había cumplido 15 años tres meses antes y se libró, y aunque todos los de “LA CASA DE ATRÁS” sobrevivieron a la selección, Ana creyó que su padre había sido asesinado.
Junto con las otras mujeres no seleccionadas para la muerte inmediata, Ana fue obligada a permanecer desnuda para desinfectarla, le raparon la cabeza y le tatuaron un número de identificación en el brazo. Durante el día usaban a las mujeres para realizar trabajos forzados. Las enfermedades se propagaban velozmente y en poco tiempo Ana terminó con la piel cubierta de costras. El 28 de octubre comenzó la selección para reubicar a las mujeres en Bergen-Belsen. Más de 8.000 mujeres, Ana Frank, Margot Frank, fueron transportadas, pero Edith Frank se quedó atrás. Se levantaron tiendas para acoger la afluencia de prisioneros, entre ellos Ana y Margot, y a medida que la población aumentaba el índice de mortandad debido a enfermedades aumentó rápidamente.
En marzo de 1945, una epidemia de fiebre tifoidea se propagó por todo el campo; se estima que terminó con la vida de 17.000 prisioneros. Los testigos contaron más tarde que Margot, debilitada como estaba, se cayó de su litera y murió como consecuencia del golpe, y que pocos días después Ana también murió. Pocas semanas antes de que el campo fuese liberado por tropas británicas el 15 de abril de 1945. De los ocho inquilinos de “LA CASA DE ATRÁS”, sólo el padre de Ana sobrevivo y cuando regresó a Ámsterdam, fue informado del fallecimiento de su esposa y del traslado de sus hijas a Bergen-Belsen, quedando con la esperanza de que lograran sobrevivir. En julio de 1945, la Cruz Roja confirmó las muertes de Ana y Margot. Tratando de cumplir póstumamente el deseo de Ana expresado en el Diario de convertirse en escritora, su padre decidió intentar publicarlo. Al preguntársele muchos años después sobre su primera reacción, respondió sencillamente: "Nunca supe que mi pequeña Ana era tan profunda".
