En el año 589, durante el Tercer Concilio de Toledo, donde tuvo lugar la solemne conversión de los visigodos al catolicismo, se produjo la añadidura del término filioque, por lo que el Credo pasaba a declarar que el Espíritu Santo procede no exclusivamente del Padre a través del Hijo como decía el credo Niceno, sino del Padre y del Hijo al decir:
Credo in Spiritum Sanctus qui ex Patre Filioque procedit.
En 1014 con motivo de su coronación como emperador de Sacro Imperio, Enrique II solicitó al papa Benedicto VIII la recitación del Credo con la inclusión del filioque. El papa, necesitado del apoyo militar del emperador, accedió a su petición con lo que por primera vez en la historia el filioque se usó en Roma.
En el año 1054, el Papa León IX quien, amenazado por los normandos, buscaba una alianza con Bizancio, mandó una embajada a Constantinopla encabezada por su colaborador, el cardenal Humberto de Silva Candida, y formada por los arzobispos Federico de Lorena y Pedro de Amalfi. Los legados papales negaron, a su llegada a Constantinopla, el título de ecuménico al Patriarca Miguel I Cerulario y, además, pusieron en duda la legitimidad de su elevación al patriarcado. El patriarca se negó entonces a recibir a los legados.
El cardenal respondió publicando su Dialogo entre un romano y un constantinopolitano, en el que se burlaba de las costumbres griegas y, tras excomulgar a Miguel I Cerulario mediante una bula que depositó el 16 de julio de 1054 sobre el altar de la Iglesia de Santa Sofía, abandonó la ciudad.
El 24 de julio de ese mismo año, el Patriarca Ecuménico de Constantinopla respondió excomulgando al cardenal y a su séquito, y quemó publicamente la bula romana, con lo que se inició el Cisma, pues alegan que, en el momento de la excomunión, León IX había muerto y por lo tanto el acto del cardenal de Silva no habría tenido validez; añaden también que se excomulgaron individuos, no Iglesias.
Considerando estas críticas, se puede señalar que el Gran Cisma fue en realidad el resultado de un largo período de relaciones difíciles entre las dos partes más importantes de la Iglesia universal. Las causas primarias del cisma fueron sin duda las tensiones producidas por las pretensiones de suprema autoridad del Papa. Efectivamente, el Obispo de Roma reclamaba autoridad sobre toda la cristiandad, incluyendo a los cuatro Patriarcas más importantes de Oriente; los Patriarcas, por su lado, alegaban, con base en la Sagrada Tradición Apostólica y en las Sagradas Escrituras, que el Obispo de Roma solo podía pretender ser un "primero entre sus iguales" o "Primus inter pares". También tuvo gran influencia el Gran Cisma en las variaciones de las prácticas litúrgicas (calendarios y santorales distintos) y disputas sobre las jurisdicciones episcopales y patriarcales.
La Iglesia se dividía entonces a lo largo de líneas doctrinales, teológicas, políticas y lingüísticas (griego para las liturgias en Oriente, latín en las occidentales). Se puede alegar que ambas iglesias se reunieron en 1274, en el Segundo Concilio de Lyon y en 1439, en el Concilio de Basilea, pero en cada uno de estos eventos, las intenciones conciliares se vieron frustradas por el mutuo repudio posterior. En años recientes, algunas Iglesias orientales decidieron aceptar la primacía absoluta del Papa y ahora se denominan Iglesias orientales católicas.
Con todo, tanto la Iglesia Católica Ortodoxa como la Iglesia Católica Romana, que así se denominan a sí mismas, reivindican también la exclusividad de la fórmula: "Una, Santa, Católica y Apostólica" implicándose cada una como la única heredera legítima de la Iglesia primitiva o universal y atribuyendo a la otra el haber "abandonado la iglesia verdadera" durante el Gran Cisma.
No obstante estas consideraciones, tras el Concilio Vaticano II (1962), la Iglesia Católica Romana inició una serie de iniciativas que han contribuido al acercamiento entre ambas iglesias, y así el Papa Pablo VI y el Patriarca Ecuménico Atenágoras I decidieron, en una declaración conjunta, el 7 de diciembre de 1965, «cancelar de la memoria de la Iglesia la sentencia de excomunión que había sido pronunciada»
