La primera encarnación del Klan fue fundada a finales de 1865 por veteranos después de la Guerra de Secesión, quisieron resistirse a la Reconstrucción. La organización adoptó rápidamente métodos violentos para conseguir sus fines. Sin embargo, hubo una reacción que en poco tiempo llevó a la organización al declive, pues las élites sureñas veían al Klan como un pretexto para que las tropas federales estuvieran activas en los Estados del Sur. El KKK fue formalmente disuelto en 1870 por el Presidente republicano Ulysses S. Grant, a través del Acta de derechos civiles de 1871 (conocida como "El Acta Ku-Klux Klan"),
En 1915 se fundó una nueva asociación que utilizaba el mismo nombre, inspirada por el poder que tenían los medios de comunicación de masas. La película El nacimiento de una nación, y el antisemitismo mostrado en las crónicas periodísticas del juicio y linchamiento del asesino Leo Frank, contribuyeron a dicha inspiración. El segundo KKK fue una organización más formal, con membresía registrada y con una estructura estatal y nacional. El número de miembros llegó a ser de 4 a 5 millones. La popularidad del Klan comenzó a caer en la Gran depresión de 1929, y durante la Segunda Guerra Mundial, ya que algunos miembros destacados del Klan protagonizaron escándalos por apoyar a la Alemania nazi.
Desde entonces, varias agrupaciones diferentes han utilizado el nombre, incluyendo a las que se oponían al Acta de Derechos Civiles, y a la de segregación en las décadas de 1950 y 1960. Algunos miembros de estas organizaciones llegaron a ser condenados por diversos crímenes. Aunque docenas de organizaciones emplean hoy todo o parte del nombre en sus títulos, la membresía real se estima en unos cuantos miles. Estos grupos, con operaciones separadas en pequeñas unidades aisladas, son considerados grupos de odio extremo. El KKK moderno ha sido repudiado por los medios de comunicación de masas y líderes políticos y religiosos de Estados Unidos.
De 1866 a 1867, el Klan irrumpió en las sesiones religiosas de la comunidad negra, e invadió los hogares de esta comunidad para robar armas de fuego, con el pretexto de desarmar a los negros veteranos de la guerra civil. Algunas de estas actividades imitaban las acciones de otros grupos de Tennessee como los Chaquetas Amarillas o los Gorras Rojas.
El Ku Klux Klan buscó el control político y social de los esclavos liberados. En particular, intentó socavar la educación, el avance económico, el derecho a portar armas y los derechos electorales de los afroamericanos. Sin embargo, el Klan no se limitó a actuar contra estas etnias, pues los republicanos del Sur también fueron blanco de sus tácticas intimidatorias. Frecuentemente, obtenían sus propósitos mediante la violencia.
El primer Klan nunca estuvo bien organizado. Como grupo secreto, o "invisible", no tenía una membresía formal, ni obligaciones, boletines, portavoces, capítulos u oficiales de ningún tipo, ni local ni nacional. Obtuvieron popularidad gracias a su reputación, obtenida en gran parte mediante sus estrafalarios disfraces y sus prácticas teatrales.
Sin embargo, tuvieron que transcurrir muchos años para que todos los elementos del Klan fueran eliminados. El domingo de Pascua de 1873, ocurrió la masacre de Colfax, el evento más sangriento de violencia racial durante la Reconstrucción. La masacre comenzó cuando algunos ciudadanos negros se resistieron a la violencia del Klan y a sus aliados de la Liga Blanca en Colfax, Luisiana. Como resultado del enfrentamiento, doscientos ochenta hombres negros perdieron la vida.
El segundo Ku Klux Klan se fundó en 1915, demostrando el recientemente descubierto poder de los medios masivos de comunicación. Se fundó con nuevos objetivos antisemitas y antiinmigrantes. La mayoría de los fundadores pertenecían a una organización llamada "Los Caballeros de Mary Phagan".
Para el segundo Klan estos eran sus propósitos:
Primero: proteger al débil, al inocente y al indefenso de las indignidades y ofensas de parte de los violentos y brutales proscritos de la ley; rescatar al oprimido y al lastimado; socorrer al que sufre y al desafortunado, especialmente a las viudas y huérfanos de los soldados confederados.
Segundo: proteger y defender a la Constitución de los Estados Unidos.
Tercero: ayudar y auxiliar en la ejecución de todas las leyes constitucionales, protegiendo a la gente de detenciones ilegales y de juicios que no sean por sus pares y de conformidad con las leyes del territorio.
El Klan tuvo éxito reclutando a lo largo del país a millones de nuevos miembros, y alcanzó su nivel máximo en la década del 20, cuando el 15% de la población formaba parte de sus filas y tenía Capítulos locales por todo Estados Unidos. Esta vez, los líderes del Klan lo gestionaban como una organización lucrativa, y participaron en el boom de las Organizaciones fraternales de la época. Al ingresar al Klan, los nuevos miembros debían comprar sus disfraces y pagar una cuota de iniciación. Los organizadores del reclutamiento se quedaban con la mitad del dinero, y enviaban el resto a oficiales estatales o nacionales. Cuando el organizador había terminado con el reclutamiento en la zona, montaba una manifestación que a veces incluía cruces ardientes y quizás una entrega ceremonial de la Biblia a un ministro protestante de la localidad. Después, el organizador se retiraba del pueblo con el dinero.
